O território do município era habitado pelos pataxós. No contexto da procura de ouro e pedras preciosas no século XVII, foi formado o arraial de Cafarnaum a partir da atração pelo solo fértil. O topônimo faz referência à cidade localizada na Galileia citada na Bíblia.

Emancipação 

Em 7 de junho de 1961 entrou em tramitação na Assembleia Legislativa o projeto para sua emancipação, e em 24 de julho de 1962, o Diário Oficial do Estado publicava o desmembramento do município de Morro do Chapéu. No dia 7 de abril de 1963, com as presenças de várias autoridades, foram realizadas as solenidades para a instalação da Câmara e para a posse do seu primeiro prefeito.

Cafarnaum na região de Irecê, faz divisa com os municípios de Morro do Chapéu, América Dourada, Bonito, Mulungu do Morro e Canarana.